Die Geschäftsführer*innen (Vorstand), die gemeinsam mit dem Kirchlichen Verwaltungsamt die Leitungsgeschäfte führen, sind dem Aufsichtsrat rechenschaftspflichtig. Die Zusammenarbeit ist von maximaler Transparenz zwischen den Leitungen und der Geschäftsführung geprägt, was für ein offenes und sehr kollegiales Klima sorgt.

Jede Kita ist Teil einer Gemeinde, die mit dem Trägerverband eine Kooperationsvereinbarung getroffen hat. Hierbei wird vor allem auf die Verknüpfung zwischen der Kindertagesstätte und der Gemeinde im beiderseitigen Interesse geachtet.

Der kirchliche Tarifvertrag der TV-EKBO ist grundlegend für alle Mitarbeiter*innen. Die Mitarbeitervertretung arbeitet mit der Geschäftsführung zusammen.